Viral diseases in cucumber in Qudi are more and more serious in recent years. To detect and identify the main viruses, the plant samples of cucumber were collected from Qudi town, Jiyang district, and next-gene-ration sequencing technology (NGS), RT-PCR amplification and analysis of viral genome sequences were carried out. The results showed that the viruses infecting cucumber in the spring were cucumber green mottle mosaic virus (CGMMV) and watermelon silver mottle virus (WSMoV). Besides CGMMV and WSMoV, cucumber plants in the autumn were also infected with zucchini yellow mosaic virus (ZYMV). The detection rates of CGMMV, WSMoV and ZYMV by RT-PCR were 68.2%, 45.5% and 50.0%, respectively, and the detection rate of complex infection was 50%. Genetic sequence analysis revealed that the coat protein (CP) gene sequence of CGMMV [JY2-6 (GenBank accession number: OR591512) isolated in this study was similar to the sequence of CGMMV [SDRZ (GenBank accession number: KX185151)] isolated from cucumber in Rizhao, and the identity was 100%. The nucleocapsid (N) gene sequence of WSMoV [JY2-4 (GenBank accession number: OR591517) isolated in this study was similar to the sequence of WSMoV [W6412 (GenBank accession number: AM113765)] isolated from watermelon in Thailand, and the identity was 99.1%. The CP gene sequence of ZYMV [JY2-7 (GenBank accession number: OR591522) isolated in this study was similar to the sequence of ZYMV [Yaz.Ashk.S.Z (GenBank accession number: KX495623)] isolated from cucumber in Iran, and the identity was 97%. This study demonstrated that the cucumber in Qudi was mainly infected by CGMMV, WSMoV and ZYMV, and complex infection was also common. This study provided a basis for virus prevention of cucumber in Qudi.

为明确内蒙古大豆种子内部和表面携带的病原菌种类和分离频率,探究大豆种子是否携带检疫性病原菌大豆疫霉(Phytophthora sojae),采用洗涤检验法和培养基培养法,分别从供试大豆种子内部获得218株真菌分离物,种子表面获得196株真菌分离物,但未分离获得P. sojae。结合菌落形态观察和ITS-rDNA序列分析对分离物进行鉴定,种子内部真菌分离物分属16个属,种子表面真菌分离物分属17个属。结合文献报道从中挑选了9个属的24株疑似病原菌进行致病力测定,发现其均可在大豆黄化苗上引起病斑。通过特异性引物检测法进一步确认了供试的大豆种子未携带大豆疫霉。上述结果为大豆种子带菌所引起病害的科学防治提供了重要参考。

为明确引起西瓜黄萎病的大丽轮枝菌(Verticillium dahliae)种群结构类型、致病性差异以及对不同作物的潜在风险,通过PCR扩增技术对20株来源于西瓜的V. dahliae生理型、生理小种和交配型进行了测定,利用伤根接种法对其致病性分化进行研究,同时测定了6种其他作物来源的V. dahliae对西瓜的致病性以及西瓜来源V. dahliae对4种作物的致病性。结果表明,供试的20株V. dahliae菌株经鉴定均为非落叶型、2号生理小种和MAT1-2-1交配型。该20株V. dahliae对西瓜的致病性菌株间存在一定的差异,AUDPC值从238.92到606.81之间,其中菌株WM05和WM14的AUDPC分别为606.81和514.72,显著高于其他18株V. dahliae,致病性相对较强;而菌株WM01、WM20、WM24和WM19的AUDPC仅为238.92、249.15、256.11和257.45,致病性相对较弱。来源于棉花、茄子等6种作物的V. dahliae均能侵染西瓜,且对西瓜的致病性存在显著差异。来源于西瓜的V. dahliae能够侵染供试的4种作物,对茄子的致病性最强,对棉花的致病性最弱,对马铃薯和向日葵的致病性与对西瓜的致病性相当。研究结果将为西瓜黄萎病的防治提供技术支撑。

南方菜豆花叶一品红病毒科(Solemoviridae)的马铃薯卷叶病毒属(Polerovirus)病毒种类繁多,寄主范围广,能侵染豆科、茄科、葫芦科、十字花科等多个科的植物,在全世界造成极大的经济损失,且常与番茄丛矮病毒科(Tombusviridae)的幽影病毒属(Umbravirus)病毒复合侵染引起严重的植物病害。为了探明马铃薯卷叶病毒属病毒(poleroviruses)在云南的发生分布情况,以及poleroviruses与幽影病毒属病毒(umbraviruses)复合侵染可能引发的爆发风险,本研究采用RT-PCR检测方法,对云南的蔬菜、水果等经济作物和作物周边的杂草开展了poleroviruses发生情况调查及病毒种类的检测鉴定。从云南省昆明市、玉溪市、保山市、大理州、楚雄州、西双版纳州和红河州7个州市采集的6科25种的669份蔬菜、烟草、马铃薯、鸡蛋果等经济作物和作物周边杂草样品中,在11种经济作物中检测到6种poleroviruses,分别为马铃薯卷叶病毒(potato leafroll virus,PLRV)、南瓜蚜传黄化病毒(cucurbit aphid-borne yellows virus,CABYV)、丝瓜蚜传黄化病毒(suakwa aphid-borne yellows virus,SABYV)、辣椒脉黄化病毒1号(pepper vein yellows virus 1,PeVYV-1)、辣椒脉黄化病毒3号(pepper vein yellows virus 3,PeVYV-3)和芸薹黄化病毒(brassica yellows virus,BrYV)。其中PeVYV-3的平均检出率最高,为6.73%,是为害云南省蔬菜、水果中poleroviruses的优势种。BrYV侵染豌豆、PeVYV-3侵染茄子、PeVYV-1侵染豌豆和蚕豆、CABYV侵染烟草和豌豆均为国内外首次报道,并且云南首次发现了SABYV的感染。Poleroviruses的寄主范围在逐渐扩大,尤其是在云南各地分布范围较广,这表明poleroviruses对作物的危害风险在逐渐增加。研究结果有助于深入了解云南主要poleroviruses的种类、分布情况以及它们的发生趋势,为综合防控poleroviruses侵染引起的植物病害提供了参考。

为开展河南省山药病毒种类及遗传变异的系统性研究,通过高通量测序(high-throughput sequencing)和RT-PCR检测疑似病毒病的山药样品188份,结果表明从山药样品中检测出5种病毒:日本山药花叶病毒(Japanese yam mosaic virus, JYMV)、油菜花叶病毒(youcai mosaic virus,YoMV)、山药潜隐病毒(yam latent virus, YLV)、蚕豆萎蔫病毒 2(broad bean wilt virus 2, BBWV 2)和淮山药黄斑花叶病毒(yam yellow spot mosaic virus, YYSMV)。JYMV、YoMV、YYSMV、 BBWV 2 和YLV的检出率分别为94.15%、87.23%、68.09%、42.02%和29.79%,其中98.94%的山药样品都存在复合侵染现象。本研究统计188份样品中共有20种复合侵染类型,其中JYMV+YYSMV+YoMV是主要复合侵染类型,检出率是26.60%。序列分析结果表明,YoMV和JYMV较保守,其次是YYSMV,YLV和BBWV 2变异较大,遗传进化树分析结果表明本研究获得的分离物与同一地区的分离物亲缘关系较近。同时HTS分析结果表明在山药上检测到其他未明确分类地位的病毒种类,因此后续还需全面系统地对河南省山药病毒的种类开展研究。

为了明确贵州省黔西南州烟草中烟草脉带花叶病毒(tobacco vein banding mosaic virus,TVBMV)的发生和病毒的群体遗传结构,了解该TVBMV贵州烟草分离物上的遗传变异机制。利用电子显微镜负染色、超薄切片制样观察及分子生物学方法对采集自贵州省黔西南州兴义市具有典型TVBMV症状的烟草样品进行检测和鉴定,并利用生物信息学软件对其进行基于病毒分离物CP基因序列的系统进化和群体遗传结构分析。结果表明:采集的22份烟草样品中,TVBMV的检出率为13.64%;所获得的TVBMV贵州烟草分离物与GenBank上公布的其它42个分离物CP基因的核苷酸和氨基酸序列的一致性分别为94.1%~99.6%和93.4%~100%;基于CP氨基酸序列的系统发育分析按照地理分布将分离物划分为4个类群,聚类结果具有明显的地理分布特征;遗传多样性分析显示,受到地理分布的影响,各组TVBMV分离物均表现出较高的遗传多样性水平;种群遗传结构分析发现,负选择作用、遗传漂变和生态环境是TVBMV种群遗传变异的重要方式。研究结果为贵州烟草病毒病的防控和抗病育种提供一定的理论支持。

为了解广西罗汉果疑似病毒病病毒病原种类,为病毒病害的有效防治提供指导,利用小RNA测序分析了广西南宁广西大学实验田中罗汉果的病毒种类,并使用简并引物和特异性引物进行PCR验证;然后,使用病毒特异引物进行PCR或RT-PCR检测,调查广西罗汉果主产区病毒的分布情况;对罗汉果中新发现的病毒,克隆其基因组并分析其核苷酸序列特征。结果显示,小RNA测序和PCR验证均证实,广西大学罗汉果感染了菜豆金色花叶病毒属(Begomovirus)的中国南瓜曲叶病毒(squash leaf curl China virus, SLCCNV)和中国胜红蓟黄脉病毒(ageratum yellow vein China virus, AYVV)以及马铃薯Y病毒属(Potyvirus)的小西葫芦黄化花叶病毒(zucchini yellow mosaic virus, ZYMV)和番木瓜环斑病毒(papaya ringspot virus, PRSV);调查发现,桂林市永福县、龙胜县、临桂区和南宁市青秀区的罗汉果病样上均存在SLCCNV和ZYMV感染,桂林市临桂区、龙胜县的罗汉果上还检测到PRSV;克隆了SLCCNV-DNA-A基因组共2 736 bp的全长序列和4个缺陷型分子、DNA-B共2 648 bp的全长序列和2个缺陷型分子,以及AYVV共2 745 bp的全长序列,三个全长序列分别编码7个、2个和7个蛋白质;序列分析表明,SLCCNV-DNA-A与中国云南地区的分离物关系最近,同源性最高,达99.56%,SLCCNV-DNA-B形成独立分支,与泰国的DNA-B序列同源性最高,达91.41%,SLCCNV-DNA-B的缺陷型分子含重组外源基因序列,AYVV与广西本地的苦苣菜分离物关系最近,同源性最高,达97.83%。表明罗汉果是begomovirus的新寄主,广西罗汉果病毒病害是begomovirus和potyvirus复合侵染引起。

稻瘟病菌在田间具有丰富的多态性。在辽宁省5个粳稻主产区采集并分离了336株稻瘟菌单孢菌株,并对其交配型分布和育性能力差异进行了检测,分析稻瘟病菌的变异机制。通过PCR技术检测交配型,发现所有供试菌株均属于单一交配型MAT1-2,群体遗传中出现了显著的交配型偏离现象。采用对峙培养杂交法,与标准菌株P9(MAT1-1)配对检测育性能力,发现所有供试菌株的平均可育性菌株比例为37.50%,平均形成子囊壳38.8个,可育菌株比例整体偏低,存在地域性分布规律,稻瘟病菌群体育性可能受积温影响。本研究首次明确了辽宁省稻瘟菌交配型分布和育性能力地域性差异。鉴于交配型的单一和可育菌株的缺乏,辽宁省粳稻主产区田间流行的稻瘟菌多是无性繁殖构成群体。

本研究采用平板对峙培养、鉴别寄主灌根接种和微卫星分子标记等方法,对2019和2020年采集自重庆市的66株辣椒疫霉(Phytophthora capsici)进行交配型、生理小种组成和群体遗传多样性分析。交配型检测结果显示A1交配型有13株,A2交配型有53株。生理小种鉴定结果显示42株P. capsici中有11株race1、28株race2、1株race3和2株race6(超级毒性小种)。利用6个已报道的微卫星分子标记位点对所有P. capsici菌株进行群体变异分析,共计获得59个不同的基因型;来自重庆地区11个P. capsici地理群体的有效等位基因数Ne为1.786~2.881,期望杂合度He为0.352~0.577,Shannon-Wiener指数H为1.242~2.079,多态标记百分率为83.33%~100%,群体之间的基因交流频繁(Nm=0.133~7.680),总群体的遗传分化处于中等水平(F_ST=0.113)。以上结果表明P. capsici在重庆各区县的遗传变异程度不同,总群体内杂合子过剩,具有丰富的遗传多样性。各地理群体的交配型组成、固定系数以及Hardy-Weinberg平衡和连锁不平衡检验提示重庆地区P. capsici可能同时存在无性和有性繁殖。AMOVA分析结果显示遗传变异主要来自群体内部。主成分分析(DAPC)表明重庆地区P. capsici菌株间存在明显差异,可划分为2个类群。Structure分析显示重庆地区P. capsici可能来自两个不同的祖先群体。上述有关重庆地区P. capsici有性生殖、生理小种组成和群体遗传结构等方面的研究结果为该地区辣椒疫病的防控奠定了基础。

2022年5月,在石家庄市农林科学研究院的颠茄试验田中发生了一种由颠茄茎基部腐烂引起整株死亡的新病害。为有效了解和防治该病害,本研究针对该病害开展了病原分离鉴定、病原生物学特性研究和防治药剂室内筛选试验。通过形态特征鉴定和rDNA-ITS序列分析以及柯赫氏法则回接试验,将该病害鉴定为由瓜果腐霉(Pythium aphanidermatum (Eds) Fitzp.)引起的颠茄茎基腐病,为国内首次报道。生物学特性研究表明,该病原菌菌丝生长、孢子囊产生、卵孢子形成的最适温度分别为35 ℃、25~35 ℃和35 ℃;最适pH分别为7.0~9.0、7.0~8.0和10.0;同时明确了其最适光照条件和培养基;瓜果腐霉菌丝生长和孢子囊产生的最适碳源分别为可溶性淀粉和葡萄糖,最适氮源分别为硝酸铵和脲。选用9种常用化学杀菌剂和1种微生物杀菌剂对P. aphanidermatum进行室内毒力测定,结果表明:35%精甲霜灵FS、250 g·L^-1嘧菌酯SC、98%噁霉灵SP和100 g·L^-1氰霜唑SC对瓜果腐霉菌丝的生长具有较明显的抑制作用,EC₅₀值分别为1.619、2.069、37.463和49.484 μg·mL^-1,为指导生产上颠茄茎基腐病合理用药提供了一定的理论依据。

2021－2022年在云南省玉溪市和昆明市采集95份表现为花叶、黄化、褪绿、环斑嵌纹等症状的茉莉花病毒病叶片样品,利用菜豆金色花叶病毒属(Begomovirus)、黄症病毒属(Luteovirus)、马铃薯卷叶病毒属(Polerovirus)、马铃薯X病毒属(Potexvirus)、马铃薯Y病毒属(Potyvirus)、烟草花叶病毒属(Tobamovirus)、幽影病毒属(Umbravirus)等病毒属的通用引物以及黄瓜花叶病毒(cucumber mosaic virus,CMV)、茉莉花叶伴随病毒(jasmine mosaic-associated virus,JMaV)、茉莉C病毒(jasmine virus C,JaVC)、茉莉H病毒(jasmine virus H,JaVH)、茉莉T病毒(jasmine virus T,JaVT)、烟草线条病毒(tobacco streak virus,TSV)等病毒的特异性引物,对茉莉花进行上述病毒的RT-PCR检测。发现侵染云南省玉溪市元江县和昆明市呈贡区的茉莉花病毒有JaVT、JaVH、JMaV、JaVC和CMV五种,检出率分别为60.00%、57.89%、15.79%、13.68%和6.32%,JaVT和JaVH是侵染云南茉莉花的优势病毒;这5种病毒在元江县和呈贡区的茉莉花样品中均检测到,优势病毒均为JaVT和JaVH,但呈贡区的病毒检出率均低于元江县。病毒大多以复合侵染的形式对茉莉花产生危害,5种病毒共有11种复合侵染类型,JaVC和CMV通常与JaVH、JaVT等病毒复合侵染,JaVH+JaVT复合侵染类型检出率最高,为26.32%。本研究首次在茉莉花上发现了CMV的感染,为了探明云南CMV茉莉花分离物与来自其他地区和寄主植物CMV分离物的分子变异和系统发育情况,将获得的CMV茉莉花分离物(CMV-YYJMLH)的CP基因序列(GenBank登录号:OQ870529)与GenBank中报道的其他35个CMV分离物CP基因序列进行比对分析,其核苷酸序列一致性为77.17%~99.09%,其中CMV-YYJMLH与CMV云南辣椒分离物(GenBank登录号:MT786689)的一致性最高,为99.09%。将不同来源的CMV分离物CP基因序列构建系统发育树,结果显示,CMV-YYJMLH分离物属于亚组I中的IB亚组,该分离物与CMV云南辣椒分离物亲缘关系最近。这是国内外首次报道CMV侵染茉莉花,也是JaVT在云南首次被发现的正式报道。

本研究调查了2022年济源市3块西瓜种植地块西瓜病毒病害平均发病率约为97%,并收集20份疑似病毒病样品,包括西瓜14份、甜瓜4份、南瓜1份和杂草反枝苋(Amaranthaceae retroflexus L.) 1份。选取3份西瓜和1份杂草反枝苋病样分别进行小RNA测序共检测出7种病毒。同时采用16种侵染西瓜的病毒特异性引物对所有的20份病样进行RT-PCR检测,与小RNA测序检测结果一致。西瓜花叶病毒(watermelon mosaic virus, WMV)和小西葫芦黄花叶病毒(zucchini yellow mosaic virus, ZYMV)是济源病毒病样中发生率前二的病毒,检出率分别是100%和85%。在一份反枝苋杂草样本中检测出WMV,表明反枝苋可能是WMV的中间寄主。从小RNA测序数据,获得了来自济源的4个WMV分离物的全长基因组。对WMV的全长基因组核苷酸序列进行一致性比较和系统进化分析,发现来自济源的WMV分离物具有较高的遗传多样性,表明该病毒在济源地区可能存在多个初始侵染源。本研究明确了济源地区西瓜病毒病种类,为该地区西瓜病毒病的防控策略制定及进一步的流行学研究奠定了理论基础。

为探究建兰花叶病毒(cymbidium mosaic virus,CymMV)和齿兰环斑病毒(odontoglossum ringspot virus,ORSV)在蝴蝶兰不同部位的RNA质量及带毒量,以携带2种病毒的植株为试验材料,采用基于TaqMan探针双重实时荧光定量PCR法检测蝴蝶兰的蕊柱、唇瓣、萼片、花梗(韧皮部)、叶片、气生根和地下根7个部位,并采用基因芯片法对带毒量进行复检验证。结果表明,蝴蝶兰不同部位的RNA提取效果存在差异,蕊柱的浓度最高,其次是唇瓣和气生根,地下根的浓度最低。双重实时荧光定量PCR检测结果表明,CymMV和ORSV在唇瓣和气生根中载量最高,在蕊柱和花梗中载量最低,2种病毒在不同部位的病毒载量变化趋势一致。本研究为蝴蝶兰病毒监测样本采集的部位选择提供了一定的理论指导。

为探明云南烟草上番茄环纹斑点病毒(tomato zonate spot virus, TZSV)的发病情况及群体遗传多样性特征,本研究使用核壳体蛋白(nucleocapsid protein, NP)基因的特异性引物对采自云南各烟区的560份烟草斑萎病样品进行检测,对部分阳性样本的NP基因进行克隆测序,并对获得的序列进行系统发育、遗传变异、群体多样性等分析。RT-PCR结果显示,560份样品中共有262个检出TZSV,平均阳性检出率为46.8%;重组分析在DX_LJHP_65分离物基因序列中检测到显著的重组信号;系统发育分析显示129个TZSV分离物在进化上可以分为6个组,相同地区来源的分离物倾向于相聚成簇,表明该病毒在进化上具有较强的地理特异性;错配分布分析结果,云南TZSV群体呈多峰分布,表明该群体近期未经历群体扩张事件;种群间遗传分化分析结果表明,滇西和滇东北与其他群体之间基因交流频率很低,其余种群间存在频繁的基因交流。本研究是对云南各烟区TZSV分离物群体遗传变异情况的首次报道,研究结果可为防控TZSV提供重要参考。

采用组织分离法,对采自辽宁抚顺新宾的细辛叶枯病株进行病原分离和纯化。根据柯赫氏法则,对分离菌株进行致病性测定。通过形态学观察,结合rDNA-ITS序列分析,以及BenA与RPB2多基因位点序列对比分析,对病原菌进行鉴定。结果表明:经回接验证,明确分离所获菌株是细辛叶枯病的致病菌;代表性菌株XXY-2的形态特征以及在OA、MEA、DG18、YES、CYA和CREA等6种培养基上的菌落培养特征与Talaromyces brevis一致;基于ITS-BenA-RPB2多基因序列系统发育分析结果显示,XXY-2与T. brevis 的模式菌株DTO 307^T和CBS 141833^T处于同一分支,自展值为100,表明XXY-2为T. brevis。采用菌丝生长速率法,测定8种杀菌剂对T. brevis生长的抑制效果,其中吡唑醚菌酯和氟啶胺的室内抑菌效果最好,EC₅₀值分别为0.0096和0.0056 μg·mL^-1。这是T. brevis作为细辛叶枯病病原的首次报道,为后续开展细辛叶枯病综合防治奠定了理论基础。

桃潜隐花叶类病毒(peach latent mosaic viroid, PLMVd)是桃树上的重要类病毒。PLMVd侵染桃树后会引起花叶、黄化和白化等不同的叶片症状。目前,PLMVd侵染引发花叶的机制不明。本文克隆了来自我国田间油桃样品的花叶(M)分离物和无症状(N)分离物的86条PLMVd全长序列,大小为336~338 nt。用DnaSP 5.0对克隆的序列进行分析,获得31条单体型(变体)序列,来自M分离物的单体型多样性(Haplotype diversity)较低为0.79,N分离物较高为0.90。与无症状的N分离物序列相比,M分离物序列变异主要发生在全序列的五个核苷酸区,来自M分离物的MY1单体型序列为优势序列,与少数其他序列变体聚在系统发育树的Group I,并与已报道的典型白化P1.148分离物序列相似性为89.4%。通过PLMVd侵染性克隆和基因合成的构建、接种方法的比较,构建了有侵染性的PLMVd二倍体和有效接种技术。构建的PLMVd MY1二倍体cDNA质粒,通过强化茎切接种法接种,能系统侵染山毛桃并表现典型的花叶症状。研究结果为进一步研究PLMVd引发花叶的分子机制奠定了基础。

早春西瓜是云南热区的特色水果,近年来病毒病发生危害日益严重。为明确侵染早春西瓜的主要病毒,本研究采集了云南省西双版纳州勐海县的早春西瓜植株与果实病毒病样品,应用透射电子显微镜制样观察、间接酶联免疫吸附测定(ID-ELISA)和RT-PCR扩增克隆与测序分析进行检测鉴定。结果表明:侵染早春西瓜的病毒为西瓜银色斑驳病毒(WSMoV)和黄瓜花叶病毒(CMV);ID-ELISA对叶部样品WSMoV和CMV的检出率分别为70%和20%,复合侵染率为15%,RT-PCR对这两种病毒的检出率分别为100%和65%,复合侵染率为65%;并且,实验对发病果实种子进行RT-PCR扩增克隆和测序分析发现上述2种病毒复合侵染率达100%;系统发育树分析表明,云南西瓜WSMoV分离株21YV-40(GenBank登录号:OP617563)、21YV-43(GenBank登录号:OP867047)与云南分离株Banna-2011(GenBank登录号:KM242056)相似性最高,达到99.00%,云南西瓜CMV分离株CMVYN40(GenBank登录号:OP617565)、CMVYN46(GenBank登录号:OP617566)与泰国分离株A27(GenBank登录号:FN552545)相似性最高,达到98.00%。本研究明确了勐海县早春西瓜主要受到WSMoV和CMV的侵染且存在复合侵染,首次发现WSMoV和CMV复合侵染西瓜发病果实种子,为早春西瓜病毒病的防控提供了依据。

为了解甘薯褪绿斑病毒(sweet potato chlorotic fleck virus,SPCFV)在山东省的发生及遗传进化情况,分别于2019年和2020年采集了131份甘薯样品,针对SPCFV进行病毒检测、全基因序列扩增、序列分析及遗传进化树构建。结果显示:SPCFV两年的检出率分别为7.1%和5.6%,所有SPCFV感染样品中皆为SPCFV与其他病毒的复合侵染。通过RACE和RT-PCR获得CFV-SD1和CFV-SD2两个全基因组序列,全长均为9 105 bp;与已报道分离物核苷酸序列一致性为72.9%～89.5%。全基因组遗传进化分析显示所有SPCFV分离物聚为两簇。且从不同样品中获得6个SPCFV山东分离物的外壳蛋白(coat protein,CP)序列,基于CP氨基酸序列开展遗传进化分析表明,山东分离物均归于亚洲类群的第一簇(Asian isolates 1)。氨基酸偏好性分析显示,CP氨基酸序列N端前35位同样存在多变区。本研究表明了山东省已成为SPCFV的常发区域,且病毒群体存在多样性,研究结果为指导SPCFV的有效防控提供了理论依据。

本研究对分离自山西省马铃薯、甘薯和薯蓣块茎中的腐烂茎线虫8个群体进行形态特征观察和数值测量,对形态数据进行SPSS差异显著性和PCA分析;采用通用引物对其ITS rDNA进行PCR扩增与序列测定,利用Geneious Prime 2019.2.3和DNAMAN 9.0软件计算相似距离和序列比对,Arlequin 3.5软件中的AMOVA模块分析分子变异方差,MrBayes 3.2.7构建贝叶斯系统发育树,并用PopART 4.8.4软件构建TCS单倍型网络图。结果表明,腐烂茎线虫群体YH277、YH279、tg38、XF01、CZ15、TY15、tg49属于A型,寄主有甘薯、马铃薯和薯蓣;为害马铃薯群体PX04属于C型。PX04和其余7个群体在形态上存在明显差异,尾部稍尖;PCA分析显示PX04与其他7个群体可以明显区分开。选用薯类作物为寄主的腐烂茎线虫77条ITS序列构建TCS单倍型网络图,结果显示共享单倍型2个和独享单倍型26个。其中H1单倍型是共享率最高的,推测其可能为祖先单倍型;26个独享单倍型中马铃薯群体独享数目最多,其群体单倍型和核苷酸多样性最丰富,单倍型多样性指数Hd值为0.841,群体间核苷酸多样性指数Pi值为0.005 02。AMOVA分析表明,山西省腐烂茎线虫遗传差异主要来源于种群间,腐烂茎线虫A型与C型之间存在较大的遗传分化。