病原学
王振宇, 冯兰兰, 高蒙, 王娜, 李绍建, 范腕腕, 崔小伟, 桑素玲, 张海燕
花生(Arachis hypogaea)作为一种重要的油料作物,为人类提供了优质的植物油、蛋白质、膳食纤维、矿物质和维生素。然而,随着极端天气的频繁发生以及各类病原菌耐药性的增强,花生受到各种生物和非生物胁迫的影响。花生颈腐病的优势病原菌棉色二孢 (Diplodia gossypina)为世界各地花生产区花生颈腐病的主要病原,可造成严重的产量损失。为探讨其发病机制,对D. gossypina A20_4菌株进行了基因组测序分析。结果表明,D. gossypina A20_4菌株基因组组装大小为43.03 Mb, GC含量为54.91%;从头组装共鉴定出10,745个基因,其中包含41,526个编码序列和2.20%的重复序列。其中6,461个基因(60.13%)被BlastP GO注释,3,245个基因(30.20%)被KOG注释,3,093个基因(28.79%)被KEGG注释。同时,本研究利用SignalP、TMHMM、EffectorP和PHI-base等软件对该菌株全基因组编码的10,745条蛋白序列进行了分泌蛋白和效应子的预测分析,结果表明,D. gossypina A20_4基因组中有790个预测的分泌蛋白基因,利用dbCAN3等软件从这些分泌蛋白中分析鉴定到220个碳水化合物活性酶,以糖苷水解酶亚家族成员数量最多。分泌蛋白中效应蛋白的预测结果表明D. gossypina A20_4中有224个潜在的效应蛋白,其中222个蛋白的功能可被PHI-base注释,根据注释结果在该菌株中找到12个关键致病因子。此外,利用生物信息学软件对其基因组中的一个丝氨酸/苏氨酸类蛋白激酶SNF1基因进行了鉴定和分析,初步分析结果显示该基因与细胞自噬进程高度相关,而自噬进程已经被证实参与调控真菌致病力。以上研究结果将为我们了解D. gossypina的进化、致病分子机制以及宿主-病原体相互作用提供新的见解。